예장 통합측은 <크리스챤신문>(발행인 신명진, 편집국장 임종권)에 글을 게재하거나 광고를 내어 후원하는 일은 없어야 한다고 결정했다. 그 이유에 대해 통합측은 "크리스챤신문은 '하나님의 교회 안상홍 증인회', '신천지교회', '베뢰아', '이재록' 등을 옹호하는 기사와 인터뷰 그리고 광고 등을 끊임없이 싣고 있다"며 "이단을 옹호하는 글이나 그들의 광고를 게재하여 성도들의 신앙생활에 혼란을 야기하고 있다"고 지적했다.
통합측은 그 증거의 일부분이라며 <크리스챤신문>이 안상홍 증인회 옹호 기사 2003년 4월 6일자 등 4건, 신천지교회(시온기독교신학원) 옹호 기사 및 광고 2003년 3월 24일자 등 5건, 이재록 씨 관련 기사와 칼럼, 김기동 씨 이름의 근하신년 광고와 김기동 씨 전면 인터뷰(2003년 9월 8일), 베뢰아 신학 변호 관련 70여 회 이상 등을 게재했다고 밝혔다.
통합측은 <크리스챤신문>이 이와 같은 이유로 인해 한국기독교총연합회로부터 이단옹호언론으로 규정됐고, 크리스천시민공동연대(공동대표 권호덕 교수, 박형택 목사, 서창원 교수)와 하나님의 교회 안상홍 증인회 피해자 모임이 <크리스챤신문>을 상대로 비판 성명까지 발표한 바 있다고 밝혔다.
통합측은 곽성률 씨는 △설교할 때나 교육을 시킬 때 이 권사의 예언의 능력과 병고침의 신비성을 자주 말하며 모친 우상화 발언을 서슴지 않는다 △곽 씨는 오늘날 주의 종들이 하나님을 학문적으로 지식적으로만 알 뿐 영적인 하나님을 알지 못한다고 주장한다 △모친의 영이 살아서 직접 계시해 주심을 따라 전하라 하는 것만 해야지 그렇지 않으면 죽는다 △모친이 재림예수다, 그 이름으로 기도해야 한다고 주장했다고 밝혔다. 특히 찬송가 444장의 '예수가 거느리시지'의 부분 중 '예수'를 빼고 모친의 이름을 대신 넣기도 했다고 지적했다.
예수왕권세계선교회(예수왕권)에 대해서는 이단성과 사이비성이 농후하다며 현 상태에서 예의 주시하고 본교단 목회자들과 성도들은 심재웅 씨의 집회나 강의에 참석하지 않아야 한다는 보고서를 그대로 받았다. 통합측은 예수왕권세계선교회가 △일반 신자는 영이 아사상태에 있기 때문에 예수를 믿어도 생명을 받아 먹을 수 없다 △현재 목사들의 99%가 먹사들로서 하나님을 대항하고 있다 △우리 나라 성경은 25%, 30%가 오역됐기 때문에 성경을 보아야 아무 소용이 없다 △생명을 받으려면 심재웅에게 성경 교육을 받아야 한다 △생명은 심재웅의 전하는 말을 그저 입 벌리고 받아 먹는 것이다라고 주장했다고 비판했다. 이와 같은 이유로 통합측은 '예수왕권'에 참석해서 훈련 받은 사람들은 기존 교회와 목사들에 대해 극단적으로 부정적 시각을 가지게 된다고 지적했다.
통합측은 예수왕권의 심재웅 목사가 △교회의 역사성과 정통성을 부인하며 △구원론은 신자 개인의 인격은 사라지고 예수에 의해 몸만 사용되는 흡수 통한론이며 △집회나 교재를 공개하지 않아 밀교적이며 △집중적 세뇌 과정으로 신비체험을 이끌어내고 △심재웅 자신을 신격화시키며 △심재웅과 그를 통해 생명을 받은 사람은 죄지을 수 없다고 주장한다고 비판했다.
그러나 통합측은 박영균 목사에 대해서는 2002년 87회 총회 때 결의한 참여금지로 규정을 해제했다. 통합측이 받은 이대위 보고서는 "박영균 목사는 본 교단이 지적한 문제에 대해서 오해의 소지가 있었던 점을 사과하고 소속 교단의 지도와 우리가 지적한 모든 것을 겸허하게 수용할 뿐만 아니라, 앞으로도 오해의 소지가 생긴다면 언제든지 수용하겠다고 약속한 바 더 이상 문제 삼지 않기로 하다"고 밝혔다.
총회에서 박 목사에 대한 이대위의 보고에 대해 일부 총대들이 반발하기도 했다. 제주노회의 한 총대는 "문제 단체를 '해제'한 것에 대해 반론을 제기한다"며 "박 목사를 강사로 모신 교회에서 심각한 갈등과 피해가 발생하기도 했다"고 말했다. 이 총대는 "박 목사를 해제하게 된 경위 중 '목회 사역의 미숙'이 큰 이유를 차지하는 것 같은데 미숙한 목회자를 교단이 인정하는 것은 심각한 문제가 될 수 있다"며 "그가 성숙할 때까지 해제해서는 안 된다"고 강력하게 주장했다. 그러나 진행을 요구하는 많은 총대들의 주장에 밀려 힘을 얻지 못했다.
